Родился 24 мая 1977 года в городе Маргилан Ферганской области Узбекской ССР.
В 1978 году его семья переехала в Краснодар (РСФСР), а затем в 1987 в Крым. Поселилась семья Айдера Исмаилова в городе Бахчисарай.
В 1994 году окончил Бахчисарайскую среднюю школу №2, а в 1995 году поступил на теологический факультет Сельджукского университета в г. Конья Турецкой Республики.
Закончив в 2001 году обучение в Сельджукском университете, получил квалификацию «богослов, преподаватель основ Ислама». В том же году поступил в аспирантуру на кафедру «Исламского права» Института социальных наук Мармаринского университета г. Стамбула (Турция).
В 2004 г. — ученая степень кандидата наук Исламского права (фикх).
Трудовая деятельность
С 2004 г. по 2008 г. — преподаватель в Азовском медресе высших исламских наук при Духовном управлении мусульман Крыма.
В 2008 г. — на IV Курултае мусульман Крыма был избран заместителем Муфтия Крыма.
В 2013 г. — после V Курултая мусульман Крыма, по решению Совета Духовного управления мусульман Крыма был вновь выбран заместителем Муфтия мусульман Крыма.
6 ноя. 2018 г. — Советом ЦРО Духовное Управление Мусульман Республики Крым и г. Севастополь Айдер Исмаилов вновь переизбран заместителем Муфтия Крыма.
Общественная деятельность
С 2015 г. по 2017 г. — член Общественного совета при Министерстве внутренних дел Республики Крым.
С 2017 г. — член Общественного совета при Следственном комитете по Республике Крым.
С 2018 г. по настоящее время – член Совета крымских татар при Главе Республики Крым.
Награды
2012 г. — Почётная грамота Министерства культуры Автономной Республики Крым.
2019 г. — Благодарность Управления образования администрации Симферопольского района Республики Крым.
2020 г. — Грамота Управления образования администрации Симферопольского района Республики Крым.
2021 г. — Благодарность Управления образования, молодежи и спорта администрации Джанкойского района.
2021 г. — Благодарность Управления образования администрации Симферопольского района Республики Крым.
2021 г. — Благодарность Министра образования, науки и молодёжи Республики Крым.
2022 г. — Грамота Республиканской Федерации футбола Крыма.